玩家会遇到多种敌对势力，其中最主要的敌人是火箭队。火箭队是一个以滥用宝可梦力量为目的的邪恶组织，他们在游戏中的多个关键支线任务中扮演反派角色。例如在月见山事件中，火箭队成员试图抢夺化石，玩家需要击败他们以保护重要道具。火箭队的行动贯穿整个游戏，从早期常磐森林的骚扰到后期彩虹市游戏厅的秘密基地，他们的存在为支线任务提供了明确的对抗目标。
另一个重要的敌对群体是各地的道馆训练家。虽然道馆挑战属于主线内容，但许多支线任务要求玩家先获得特定徽章才能继续，这使得道馆训练家成为间接的阻碍力量。特别某些特殊训练家如金黄市的娜姿，她不仅作为道馆首领，还率领着一群超能系精灵，在相关支线任务中会与玩家多次交手。这些训练家的宝可梦等级较高，技能搭配合理，需要玩家精心准备应对策略。
游戏中的野生宝可梦也是支线任务的重要阻碍因素。在诸如寻找月宫玉兔和急冻鸟情报等任务中，玩家需要在特定区域遭遇并战胜大量野生宝可梦。某些稀有宝可梦如卡比兽会直接阻挡道路，必须通过特殊方式解决。双子岛的急冻鸟任务要求玩家先通过布满野生宝可梦的迷宫区域，这些野生敌人的等级和属性各不相同，增加了任务完成的难度。
在后期支线任务中，玩家还会遇到一些特殊的独立对手。例如在圣安奴号游轮上，主角的劲敌小茂会多次出现并与玩家对战；在彩虹市事件中，火箭队首领坂木会作为最终对手出现。这些角色往往拥有实力强大的宝可梦队伍，且战斗风格各具特色，需要玩家调整战术才能取胜。他们的出现通常标志着支线任务的关键节点，胜利后能获得重要奖励或推进剧情发展。
游戏中最具挑战性的敌对力量当属三大神兽——火焰鸟、闪电鸟和急冻鸟。在相关支线任务中，它们不仅是捕捉目标，也会以强大敌人的身份与玩家对战。这些传说中的宝可梦拥有极高的种族值和强力技能，玩家需要充分准备特定属性的宝可梦和足够数量的高级球才能应对。它们的出现地点如灯火山顶和无人发电厂都经过精心设计，与环境主题高度契合，增强了战斗的史诗感。
口袋妖怪火红通过多样化的敌对设计，使支线任务既保持了与主线的关联性，又提供了独特的挑战体验。从组织严密的火箭队到实力强劲的传说宝可梦，这些敌人共同构成了游戏支线内容的核心对抗要素，考验着玩家的战术水平和队伍培养成果。
