口袋妖怪火红作为经典重制作品，除了主线剧情外还包含丰富的支线任务内容。这些支线任务分布在游戏各个区域，涉及捕捉特定宝可梦、解谜探索、道具收集等多种类型。完成这些任务不仅能获得稀有道具和宝可梦，还能深入了解游戏世界观设定。
在岩山隧道和月见山等迷宫区域，玩家需要解决岩石推阻和机关谜题才能继续前进。这类任务通常需要掌握特定秘传技能如碎岩和闪光，同时会遇到野生训练家和火箭队成员的阻挠。成功穿越后可获得化石选择权，后续能在红莲岛研究所复活为菊石兽或化石盔。
游戏中的古庙遗迹和废弃发电厂等隐藏地点包含特殊支线。这些区域往往需要特定条件触发，如调查墙壁文字或使用秘传机开路。在发电厂可捕捉钢神柱，而双子岛深处则需推石堵住瀑布才能遇见急冻鸟。这类任务对队伍配置和技能搭配有较高要求。
部分支线围绕NPC委托展开，包括寻找失踪宝可梦、传递信件等。在斯塔镇可接受捕捉波波和蚊香蝌蚪的委托，完成后获得钥匙和金币奖励。彩虹市百货大楼顶层的老奶奶会索要特定饮料，换取珍贵技能机器。这类任务通常需要往返多个地点。
游戏后期在七岛区域分布着更多高难度支线。一号岛灯火山可反复刷级，山顶捕捉火焰鸟；无人发电厂深处藏有闪电鸟；华蓝洞窟需要冲浪和攀瀑技能才能挑战超梦。这些任务往往需要先完成主线剧情才能解锁。
支线任务系统大大丰富了游戏的可玩性和探索深度。建议玩家在推进主线时留意环境细节和NPC对话，合理规划任务顺序，同时注意培养多属性宝可梦以应对不同挑战。部分限时任务需把握触发时机，错过可能无法再次完成。
